Les orgues de Saint-Bénigne furent construites en 1758-1759 par Claude-François SAUMET, facteur d’orgues à Besançon, aidé dans sa tâche par les frères GUYON, sculpteurs, et François-Joseph VORBE, menuisier.
Plusieurs réparations furent faites au cours du XIXe siècle, notamment celles effectuées par François CALLINET.
D’autres interventions eurent lieu au début du XXe siècle ; puis en 1970, lors de la restauration de l’église, l’orgue fût transféré, de la tribune dans le chœur, où il se trouve actuellement.
En 1977, une expertise a révélé que 66,5% de la tuyauterie était ancienne, l’orgue fût alors classé « monument historique ».
La restauration définitive, confiée à la manufacture d’orgue franc-comtoise de Courtefontaine (Jura) dirigée par M. Bernard AUBERTIN, s’acheva en décembre 1982.
Son but était de restituer au mieux l’orgue de Joseph CALLINET de 1844.
Un positif de dos y fut ajouté afin d’augmenter les possibilités de l’instrument. Les parties sculptées, ainsi que les statues des tourelles provenant du musée de Pontarlier furent dorées à la feuille d’or par Bernard DELAVAL (Saône et Loire)
Ce bel instrument de style Louis XV a ainsi retrouvé tout son éclat originel. Il compte 39 jeux (40 sont prévus), trois claviers et un pédalier.
Ces orgues participent à un tout, où architecture, vitrail, musique, peinture et sculpture concourent à une même harmonie et font de cet élément important du patrimoine pontissalien qu’est l’église Saint-Bénigne, un monument d’une extraordinaire qualité.